La faute à ce « royaume qui ne peut pas être observé » qui est apparu soudainement à diverses époques de l’histoire. Ritsuka Fujimaru, un des derniers maîtres resté à Chaldea est intervenu face à ce royaume, avec à ses côtés le demi servant Mash Kyrielight, et il a utilisé le rituel interdit pour détruire ce royaume : le « Grand Order ».

Une 7^e singularité a été découverte en Mésopotamie en l’an 2655 avec JC. Le pays d’Uruk, gouverné par le sage roi Gilgamesh après son retour d’un voyage où il cherchait l’immortalité, était grand et prospère jusqu’à ce que vienne trois déesses et d’innombrables bêtes démoniaques. Ces ennemis ont mené Uruk au bord de la destruction. Avec un « temporal », une méthode de voyage dans le passé, Fujimaru et Mash arrivent devant le mur d’enceinte de la forteresse d’Uruk pour découvrir le combat entre les forces démoniaques et l’humanité vaillante prête à se défendre jusqu’au bout dans une époque où les dieux et les hommes vivaient ensemble.

Fujimaru et Mash, qui ont combattu 6 singularités embarquent pour leur dernier combat.