Le studio a été fondé en 1985 par  Hayao Miyazaki, Isao Takahata et la compagnie Tokuma Shoten. Les 2 réalisateurs se sont rencontrés au studio Toei où ils ont collaboré pour un projet commun, Hunstle Punch. Ils ont travaillé par la suite sur le film Horus, prince du Soleil avant de quitter le studio Toei pour les studios A-Pro, puis Zuiyo Pictures et enfin Nippon Animation. C’est grâce au succès de l’adaptation cinématographique de Nausicaä en 1985 qu’ils réussissent à fonder leur propre studio d’animation : les studios Ghibli.

Le nom du studio provient de celui d’un avion de reconnaissance utilisé par les Italiens lors de la Seconde Guerre Mondiale : le Caproni Ca.309 Ghibli. Il est bien connu qu’Hayao Miyazaki est un grand fan d’aviation, thème d’ailleurs récurant dans ses films. Pour lui, son studio devait jouer un rôle d’éclaireur dans le secteur de l’animation japonaise et d’y souffler un vent de nouveauté, comme l’avion italien.

Dans les premières années, Miyazaki et Takahata étaient les seuls réalisateurs de leurs films, mais avec le temps, d’autres auteurs tel que Tomomi Mochizuki et Yoshifumi Kondô, considéré comme le successeur de Miyazaki, rejoignent le studio.

Avec les nombreux classiques que le studio a créés, il est devenu un acteur majeur du monde de l’animation dépassant les frontières du Japon.