Akira Todo, collégien, mène une vie paisible dans le nord d’Okinawa avec sa sœur aînée Haruka et sa mère, qui tient un café… mais cette famille cache un secret : le pouvoir « Engine » de Haruka, qu’elle a hérité de leur père. Akira n’a pas reçu ce même pouvoir et souffre d’un complexe d’infériorité, car il a toujours besoin d’être protégé par elle. Un jour, d’étranges événements commencent à se produire partout dans le monde. Quel est l’objectif de ces ennemis inconnus qui s’en prennent à Akira et à son entourage… ? La bataille des garçons et des filles qui portent le destin de l’univers sur leurs épaules commence…