Dans un futur lointain où d’épais nuages recouvrent le ciel, plongeant la Terre dans un hiver et une nuit permanents, la majeure partie de la végétation de la planète s’est flétrie. Confrontée à une grave pénurie d’oxygène, l’humanité a bâti une société qui dépend de la maigre quantité d’oxygène fournie par la Transfloration. Un jeune homme, Toshiro Kamiya, vit dans la pauvreté et travaille dur pour payer ses impôts, subvenir à ses besoins et acheter des médicaments pour sa mère atteinte d’une maladie mentale. Cependant, la cruelle réalité qui l’entoure ronge peu à peu son espoir.

Dans ce monde sombre et désespéré, il choisit la voie des « Spiriflor » — ces plantes en lesquelles les humains se transforment