Des problèmes de réseau généralisés apparaissent, centrés sur la région de Tokyo. Les feux de circulation clignotent de façon chaotique, les télévisions publiques extérieures affichent des textes déformés, etc. Les nouvelles rapportent qu’il s’agit d’un cas de cyberterrorisme.

Taichi Yagami, élève de cinquième année, est resté seul à la maison pour se préparer à un week-end de camp d’été, mais sa mère et sa petite sœur Hikari sont allées à Shibuya, et maintenant elles sont à bord d’un train en fuite. Taichi se précipite à Shibuya pour sauver sa mère et sa soeur, mais à l’instant où il se dirige vers le quai de la gare… un étrange phénomène s’abat sur les DigiDestinés, et Taichi passe dans le monde numérique ! Les DigiDestinés rencontrent leurs partenaires Digimon, et ils sont confrontés à une aventure dans l’inconnu… !