En 2013, dans le Tokyo contemporain, un employé de bureau japonais athée et anonyme, au moment même où il est assassiné par un subordonné mécontent qu’il avait licencié en raison de ses mauvaises performances professionnelles, se retrouve face à une entité qui se présente comme Dieu et le condamne pour son manque de « foi ». L’employé refuse de croire en son existence, critique ses diverses déclarations de son point de vue d’athée et la surnomme avec mépris « l’Être X ». L’entité décide alors de réincarner l’employé dans un monde où il serait confronté à des circonstances suffisamment difficiles pour qu’il se tourne vers l’Être X afin d’obtenir de l’aide.

L’employé renaît sous les traits de Tanya Degurechaff, une orpheline vivant dans l’équivalent, dans un univers parallèle, de l’Allemagne impériale, connu sous le nom d’Empire, où la Première Guerre mondiale a été repoussée jusqu’aux années 1920 et où la magie a été intégrée à l’armée. Selon l’Être X, si Tanya ne meurt pas de mort naturelle ou refuse d’y croire, son âme quittera le cycle de la réincarnation et sera envoyée en enfer pour les innombrables péchés qu’elle a commis au cours de sa vie antérieure. À la recherche d’une issue, Tanya décide de rejoindre le Corps des mages de l’Empire et de combattre pendant la guerre, dans l’espoir d’atteindre le plus rapidement possible un grade suffisamment élevé pour rester loin du champ de bataille et éviter ainsi le risque d’être tuée. Même si elle est désormais contrainte de parler avec la bouche d’une jeune fille, Tanya se transforme rapidement en une soldate impitoyable qui privilégie l’efficacité et sa propre carrière par-dessus tout, même au détriment de la vie de ses subordonnées, surtout ceux se trouvant du mauvais côté.